2012年9月30日是中秋节，当夜一轮明月高挂天空，万里无云，晚上准7时，南师大体覆盖黄绫，由八位礼仪师护送，从寝室推出。后随家眷、法师团、学生弟子，人人口念“南无本师释迦牟尼佛”到荼毗塔前。
由文殊院宗性大和尚带领十二位法师主持告别仪式。首先宣读国务院总理温家宝先生吊唁文，北京中央代表致词，家属南一鹏致词，再由宗性大和尚领导诵《心经》七遍，到荼毗塔前，诵怀念词、语，举火入灶，白烟燃起，飞向南师卧室禅堂，众多弟子跪拜送行。大约晚上8时，仪式结束，众人留恋徘徊于供桌前及荼毗塔附近，约在9时多，因太湖大学堂治丧忙碌不留客人，所以两百多位从各地赶来的弟子学生们，也纷纷踏着月光，怀着沉重心情离开，告别多年热切前来“朝圣”的新中国文化传播中心－－太湖大学堂。
很多人对南怀瑾老师一生的修行及宏扬佛、儒、道的功业有着许多好奇与敬佩。以他在禅密、医学及武术方面的修学，长久以来均日食一餐，晚餐一小碗地瓜稀饭，但说话开示无间，动作灵敏，病痛不侵，几达金刚不坏之身，何以在2012年8月间轻微感冒，竟演变成肺炎，而致在上海中山医院核磁共振扫描（MRI）后，不语，手写“明白”、“平凡”四字，盘腿竟自“入定”，十日后宣告仙逝，随即火化荼毗。
首愚师父追思茶会说，记得6月份的时候, 南老师已派他的秘书马宏达, 到台湾到处收集资料、墨宝等，已预知自己的后事并作妥善安排，南师最小的公子南国熙先生，于峨眉追思茶会向大家报告南师辞世前后的概况。
南国熙忆述老师今年过生日时曾说：净念相继，往生净土；又在端午节时，很感慨地说，不晓得今年中秋人在那里，仿佛已有所暗示。
南国熙是南怀瑾老师最小的儿子（南老师有4男2女），十三岁时就被送去美国给洋人当养子，进入美国西点军校磨练，服完役后到台湾、香港从事金融管理工作。他们夫妇从8月起，几乎都在吴江庙港太湖大学堂，他们夫妇用口说及播放录影短片的方式，把怀师仙逝前的两个月娓娓道来。
南老师在八月二十日左右选择在大学堂的主楼二楼闭关，闭关时期，就连南老师的秘书马宏达，刘雨虹老师都不敢打扰，直到老师圆寂，都是由宏忍师、永慧师......等护关，这段时间老师均无进食，因此老师又更瘦了一点。
南国熙和温州的二哥小舜在没有相约之下，于9月8日同时到了太湖看老师，南国熙的太太 Jolene也带了几位香港瑜珈同学，到大学堂禅修一周。9月9日南老师对他们说了一段话，结尾时说这可能是这生最后见面了。
9月14日，南老师示疾，因为痰引起不适，到了医院，南老师没有插任何管子，只是打了化痰化尿的点滴。老师第二天还跟大家开玩笑说, 他到上海来只是撒了这三泡尿。医生建议老师做CT扫描，同学们亦同意。
9月17日，老师做了CT扫描，老师一向不喜欢做任何检查，扫描完老师就不讲话了，用写的，医生告诉老师他有肺炎，因为都没有插管治疗，一切就得靠自己了。老师写下两个字：明白。一会学生们来了，老师再写下两个字：平凡。
9日18日中午，老师就双腿盘起入定了，表情就像老师有时在餐桌上入定的一样，如庄子说的，如生如死，如死如生。
9月19日早上7：04，老师手指头夹了心波测量器，一般人往生了是会慢慢停下的，但老师身旁的机器突然一下画面黑了，整个关掉了，当时老师的眼神是平常入定的眼神，身体是坐姿的，同学们让老师坐了六个小时；到下午一点，把老师抱回去大学堂主楼自己的房间，在室温的状况下，让老师入定；期间学生们每天开会，非常尽心，宏忍师、马宏达、小胡......他们安排了四层护关人，让老师继续闭关，一天四班，不准任何家人学生打扰老师。
9月25日晚上，Jolene 在房间一点多还没睡，走来走去，她说闻到整个房间是檀香味，后来她五点半起来说，她梦到第七天有和尚会来。
9月26日下午，第七天，四川成都文殊院的方丈宗性法师不请自来并带了十二位法师到太湖大学堂。
宗性法师才四十岁左右，他是中国佛学院的副院长。老师以前曾开玩笑说过，宗性法师是他以前维摩精舍的同学。宗性法师说，前夜他梦到南师和他坐在一起，对他笑笑，醒来后即知南老师有事发生，所以马上搭飞机前来，而后宗性法师进到南师房间打坐了两个小时，并跟我们说，一切会圆满解决。学生们继续开会到第九天，决定请香港两位西医同学过来，鉴定老师的状况，两位西医第十天晚上到达。
9月29日早上，第十一天，我和小舜哥、宏忍师、两位西医同学，前前后后、上上下下地检查一番，以西医的角度看是没有生命迹象，生命迹象一向要做脑波的，但学生们不愿打扰老师，所以我们没有做脑波，只检查了三个死亡现象：呼吸、心跳、与瞳孔是否放大。检查时老师已经没有呼吸、心跳，这十一天老师眼睛已闭了，怎么也开不了，用棉花棒、用手撑就是打不开。所以没办法证明瞳孔是否放大，这十一天室温，老师没有异味，皮肤没有变色，只是更瘦了一点。
这种情况下两位医生鉴定老师已走了。学生们立刻开会，决定在第二天中秋节把老师荼毗。这段时间古道师在大学堂后面已盖好了一座荼毗所。
9月30日中秋节的早上，谢福枝大哥选好早上4:30帮老师换衣服，我和小舜哥依古礼帮老师换了五套衣服，两套裤子，老师身体还是很柔软，没有异味，没有变色。我们跟老师说，既然昨天没有让两位医生看眼睛，是否可以让家人看一眼，那时候老师眼睛张开15秒，我因为不是医生，不太了解怎样是瞳孔放大，15秒后就闭起来了。这时宏忍师他们也在场目睹这一幕，并不是我的想像。
庙港这个时候天气是很热，很多蚊子的。我们把老师从主楼推出去，旁边站了两排学生，首愚法师也在。当天晚上找不到一只蚊子，荼毗开始后，飘出来的烟是白色的，没有黑烟，烟往上升，进了三楼的禅堂。我们都非常感慨，很多录影及拍照出来看到，空中很多莲花。
荼毗烧了三天三夜，冷却了二天二夜。早上四点半开荼毗炉塔，很惊讶的，里面整个墙壁很干净，也烧得非常干净。老师的头颅百分之九十完整，头颅上多处呈金色，老师的舌根和舌头都没有烧坏，变成了透明的莲花舌头舍利，并拣集了五瓶彩色的舍利子上百颗。首愚法师和宗性法师说明，头颅代表功德圆满，舌头舍利代表说法无误，我们很感动地接受这种说法。
转自十方禅林
附：怀师荼毗现场视频